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> 私の記憶では、その他の部分も全て「wforum.cgi?mode=」としたように
> 思い込んでいたのに、そのようになっていません、ということです。

ふーむ，そこはわたしは全く手を付けない（手を出せない）ところですね。
そこまでは気にしていないので，そのまま（↓これ）になっていると思います。

        # レス記事
        } elsif ($lx != 0) {
            print "<li><a href=\"$script?no=$no&amp;reno=$reno&amp;oya=$oya&amp;mode=msgview&amp;page=$page\">$no\.$sub</a> - <strong>$name</strong> $dat $newsign\n";
        # 親記事
        } else {
            print "<dd><a href=\"$script?mode=allread&amp;no=$no&amp;page=$page\">$treehead</a> - ";
            print "<a href=\"$script?no=$no&amp;reno=$reno&amp;oya=$oya&amp;mode=msgview&amp;page=$page\">$no\.$sub</a> - <strong>$name</strong> $dat $newsign\n";
        }

　オリジナルの wforum.cgi とは，HTML の要素が違っていると思いますが，
自分が手を入れて，としきさんにお渡しした後は，全く弄っていないですね。

> 掲示板内へのリンクの部分の、スクリプトのパラメータの並び。
> 記憶では、極力、?の次の最初のパラメータはmode=xxxxにするようにして、
> 次は&no=yyyyにする、というようにしたつもりでした。でも、今、
> 特にツリーの部分を読むと、そういう並び順になっていませんよね。

まずは，スクリプトの箇所を特定したいと思いますが，
この部分でしょうか？　-の並び以外はそのまま書き込んだので，
もしかするとさらに変換されてしまうものがあるかも。

#−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
#  自動リンク
#−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
sub auto_link {
    local($_) = @_;

    s/([^=^\"]|^)(https?\:\/\/[\w\.\~\-\/\?\&\=\;\#\:\%\+\@]+)/$1<a href="$2">$2<\/a>/g;
#   s/(^|[\x81-\x9F\xE0-\xFC][\x40-\x7E\x80-\xFC]|[^0-9a-zA-Z\#\"]+)#([0-9]+)([^0-9\;\.\"])/$1<a href="$script?mode=article&amp;no=$2">#$2<\/a>$3/g;
    s/#([0-9]+)($|[^0-9a-zA-Z\"\#\$\%\&\'\(\)\=\-\^\?\<\>\;\.]|[\<][bB][rR][\>]|\n|\r)/<a href="$script?mode=article&amp;no=$1">#$1<\/a>$2/g;
    $_;
}

mode=xxxx &no=yyyy になっているようですけどね……　別の話？